WebDesktopis on paljud arendused seadistatavad konfiguratsioonifailis nt tuleb kolmanda osapoole allkirjastamise lahenduse seadistamiseks teha aktiveerimine konfiguratsioonifailis. Enamlevinud konfiguratsioonifaili seadistused on koondatud konfiguratsiooni muutmise moodulisse ning moodulit saab kasutada töölauaadministraatori õigustes kasutaja.